Die Indikatoren basieren auf den gemessenen Fluoreszenzintensitäten der verschiedenen Stoffwechselsubstanzen. Die Fluoreszenzintensität ist ein Maß für die Aktivität der jeweiligen Stoffwechselsubstanz, da sie direkt proportional zur Menge der Substanz entsteht. Werden die Fluoreszenzintensitäten im Verhältnis zueinander betrachtet, liefern sie Informationen zu den Wechselwirkungen zwischen den verschiedenen Substanzen im mikrozellulären Raum. So sind Aussagen zu verschiedenen Stoffwechselvorgängen und deren Regulation im mikrozellulären Raum möglich. Indikatoren sind z.B. die Zellteilungsaktivität, Aktivität von Biosynthesen, die Regulation der Immunfunktion und der Redoxäquivalent.